Veștile despre lucrarea din Praga au fost duse la Roma, și Hus a fost curând somat să se prezinte înaintea papei. Să se supună ordinului ar fi însemnat să se expună la o moarte sigură. Regele și regina Boemiei, universitatea, nobilii și oficialii guvernului s-au unit într-un apel adresat pontifului prin care se cerea să i se îngăduie să rămână la Praga și să trimită răspuns la Roma printr-un delegat. În loc să aprobe această cerere, papa a procedat la judecarea și condamnarea lui și apoi a declarat orașul Praga sub interdicție.
În acea epocă, ori de câte ori se pronunța o astfel de sentință, se crea groază pretutindeni. Ceremoniile de care era însoțită erau în așa fel concepute, încât să umple de teroare un popor care îl considera pe papă reprezentantul lui Dumnezeu care ține cheile cerului și ale iadului și are puterea să pronunțe judecăți atât civile, cât și spirituale. Se credea că porțile cerului erau închise pentru regiunea lovită de interdicție și că, până când papa binevoia să ridice anatema, morții erau împiedicați să intre în sălașurile fericirii. Ca semn al acestei teribile calamități, toate slujbele religioase erau suspendate. Bisericile erau închise. Căsătoriile erau oficiate în curtea bisericii. Morții, a căror înmormântare în cimitir era interzisă, erau îngropați, fără niciun fel de slujbă, în șanțuri sau pe câmp. Astfel, prin măsuri care făceau apel la imaginație, Roma încerca să controleze conștiințele oamenilor.
Orașul Praga era plin de tulburări. Mulți îl acuzau pe Hus că este cauza tuturor nenorocirilor și cereau să fie predat răzbunării Romei. Pentru a liniști furtuna, reformatorul s-a retras pentru un timp în satul lui natal. Scriindu-le prietenilor pe care-i lăsase în Praga, spunea: „Dacă m-am retras din mijlocul vostru, am făcut-o pentru a urma învățătura și exemplul lui Iisus Hristos, ca să nu dau ocazie celor cu gânduri rele să-și atragă o condamnare veșnică și ca să nu fiu pentru cei evlavioși un motiv de amărăciune și persecuție. M-am retras și pentru că mi-am dat seama că preoții nelegiuiți ar putea continua să interzică pentru un timp îndelungat predicarea Cuvântului lui Dumnezeu în mijlocul vostru, dar nu v-am părăsit pentru a nega adevărul divin, pentru care, cu ajutorul lui Dumnezeu, sunt gata să mor” (Bonnechose, The Reformers Before the Reformation, vol. 1, p. 87). Hus nu și-a încetat activitatea, ci a călătorit prin regiunile învecinate, predicând mulțimilor doritoare. Astfel, măsurile la care a recurs papa pentru a înăbuși Evanghelia făceau ca ea să fie și mai mult răspândită. „N-avem nicio putere împotriva adevărului, ci pentru adevăr” (2 Corinteni 13:8).
„În această etapă a carierei sale, mintea lui Hus părea a fi scena unui conflict dureros. Cu toate că Biserica încerca să-l intimideze cu tunetele ei, el nu renunțase la autoritatea ei. Pentru el, Biserica Romano-Catolică încă era mireasa lui Hristos, iar papa era reprezentantul și vicarul lui Dumnezeu. El lupta împotriva abuzului de autoritate, și nu împotriva principiului în sine. Acest fapt a produs un conflict teribil între convingerile rațiunii lui și cerințele conștiinței sale. Dacă autoritatea era dreaptă și infailibilă, așa cum considera că este, cum se făcea că el se simțea constrâns să nu i se supună? Să asculte vedea că este păcat, dar cum era posibil ca ascultarea de o biserică infailibilă să-l aducă într-o astfel de situație? Aceasta era problema pe care nu putea să o rezolve, aceasta era îndoiala care-l chinuia clipă de clipă. Singura soluție la care a putut ajunge a fost aceea că se repeta situația care existase și în zilele Mântuitorului, când preoții deveniseră niște persoane nelegiuite, care foloseau autoritatea legitimă în scopuri nelegitime. Aceasta l-a făcut să se călăuzească în viață și să le predice altora principiul că învățăturile Scripturii, înțelese și asimilate, trebuie să guverneze conștiința, cu alte cuvinte, că singurul ghid infailibil este Dumnezeu, care vorbește prin Biblie, și nu biserica, ce vorbește prin preoți” (Wylie, vol. 3, cap. 2).
Când, după un timp, agitația din Praga s-a mai potolit, Hus s-a reîntors la capela Betleem pentru a continua cu și mai mare zel și curaj predicarea Cuvântului lui Dumnezeu. Dușmanii lui erau activi și puternici, dar regina și mulți nobili îi erau prieteni, iar poporul, în mare număr, era de partea lui. Comparând învățăturile lui curate și înălțătoare, precum și viața lui sfântă cu dogmele degradante pe care le predicau preoții romano-catolici și cu avariția și imoralitatea de care dădeau dovadă, mulți considerau o adevărată onoare să fie de partea lui.
Până în acest moment, Hus fusese singur în activitatea lui, dar acum, Ieronim, care acceptase învățăturile lui Wycliffe pe când era în Anglia, i s-a alăturat în lucrarea de reformă. Cei doi urmau să fie de atunci înainte uniți în viață și nici moartea nu avea să-i despartă. Ieronim era înzestrat cu elocvență, cultură și un geniu strălucitor – calități care câștigă favoarea oamenilor – într-o măsură mai mare decât Hus, care, în schimb, avea acele trăsături care conferă adevărata forță de caracter. Judecata lui calmă era ca o frână pentru spiritul impulsiv al lui Ieronim, care, în adevărată umilință, își dădea seama de valoarea lui Hus și se supunea sfaturilor lui. Prin eforturile lor unite, reforma s-a întins mai rapid.
Dumnezeu a îngăduit ca o mare lumină să strălucească asupra minților acestor bărbați aleși, descoperindu-le multe dintre erorile Romei, dar ei n-au primit toată lumina care trebuia dată lumii. Prin intermediul lor, Dumnezeu scotea poporul din întunericul romano-catolicismului, dar mai existau obstacole mari și multe pe care oamenii urmau să le întâmpine. El i-a condus înainte, pas cu pas, pe măsură ce puteau suporta lumina, căci ei nu erau pregătiți să o primească dintr-odată pe toată. Dacă le-ar fi fost prezentată, i-ar fi făcut să se îndepărteze de ea, având același efect pe care îl are strălucirea soarelui de amiază asupra celor care au stat îndelung în întuneric. De aceea, El le-a descoperit-o conducătorilor puțin câte puțin, în măsura în care putea fi acceptată de oameni. De la un secol la altul, alți lucrători credincioși aveau să vină după ei pentru a-i conduce pe oameni mai departe pe calea reformei.
Schisma din biserică continua. Trei papi se luptau acum pentru supremație, iar lupta lor umplea creștinătatea de crimă și de tulburare. Nemaifiind mulțumiți doar să arunce anateme, au recurs la arme. Fiecare s-a grăbit să-și cumpere arme și să strângă soldați. Desigur că era nevoie de bani și, pentru a-i procura, darurile, slujbele și binecuvântările bisericii erau oferite spre vânzare (Vezi Apendicele pentru p. 47). Preoții, la rândul lor, imitându-i pe superiori, au recurs la simonie și război pentru a-și umili rivalii și a-și întări puterea. Cu o îndrăzneală tot mai mare, pe zi ce trecea, Hus tuna împotriva monstruozităților care erau tolerate în numele religiei, iar poporul îi acuza în mod deschis pe conducătorii de la Roma că sunt cauza nenorocirilor care invadaseră creștinătatea.
Praga părea că se află din nou pe marginea unui conflict sângeros. Ca și în vechime, slujitorul lui Dumnezeu a fost acuzat că el era „acela care nenoroceșt[e] pe Israel” (1 Împărați 18:17). Orașul a fost pus din nou sub interdicție, iar Hus s-a retras în satul său natal. Mărturia dată cu atâta credincioșie din iubita lui capelă Betleem se încheiase. Înainte de a-și da viața pentru adevăr, el urma să vorbească întregii creștinătăți de la o tribună mai înaltă.
Pentru a pune capăt relelor care tulburau Europa, la cererea împăratului Sigismund, a fost convocat un conciliu general la Konstanz de către unul dintre cei trei papi rivali, Ioan al XXIII-lea. Convocarea unui conciliu nu era câtuși de puțin pe placul papei Ioan, ale cărui caracter și comportament cu greu puteau suporta cercetarea, chiar și din partea unor prelați cu o moralitate îndoielnică, așa cum erau preoții din acele timpuri, însă n-a îndrăznit să se împotrivească voinței lui Sigismund. (Vezi Apendicele.)